原名陈承沅，字颍川。祖籍平湖，出生上海。出身于一个没落的绸缎商人家庭，8岁丧父。在上海中医专门学校毕业后，师从丁甘仁、丁仲英父子。民国17年（1928），创办国内第一份医药卫生常识方面的报刊《康健报》。民国18年，自设诊所，独立行医。同年3月17日，被中医界推选为五名代表之一，赴南京国民党政府抗议“废止中医案”。民国24年，主编300余万字的《中国药学大辞典》，后由上海世界书局出版，这是第一本以现代生物分类学角度诠释的中药词典。民国26年，东渡日本，收集汉医书籍400多种，整理出版《皇汉医学丛书》。民国38年，赴港行医。1953年2月，主编发行《存仁医学丛刊》，不久又主持开办香港中国针灸学院和存仁医学讲座，培养许多中医人才。1957年，被推选为香港高级慈善机构东华三院总理。1964年，获韩国庆熙大学名誉博士衔。同年，编撰出版《中国医学史》。1970年，被选为香港苏浙同乡会副会长。1979年，应日本“讲谈社”之邀，编撰《中国药学大典》，共4大册，于1982年正式出版。1980年初，获台北“中国文化大学”名誉博士衔。1985年隐退，并移居美国加州洛杉矶，1990年9月9日病逝。

陈存仁同时也是一个多产作家，正式出版的著作近30种，除有关中医文章外，还有大量杂著，主要有《银元时代生活史》、《抗战时代生活史》、《被阉割的文明：闲话中国古代缠足与宫刑》、《被忽视的发明：中国早期医药史话》、《被误读的远行：郑和下西洋与马可·波罗来华考》、《业外杂谭录：袁枚食色及其他》、《阅世品人录：章太炎家书及其他》、《我的医务生涯》、《红楼梦人物医事考》、《津津有味谭》等，尤其前两种著作，被称为“时代的写真，生活的侧影”。